ИНФОРМАЦИОННЫЙ РЕСУРС СЕРВИСА VARIFIND NEOSCREEN ASSAY
Зачем делать ДНК анализ на муковисцидоз?
Муковисцидоз (МВ) — частое наследственное заболевание, ассоциированное с мутациями гена CFTR. Наследуется по аутосомно-рецессивному типу, т. е. для его развития каждый из родителей должен быть носителем мутации, а ребенок нести две патогенные аллели одного гена. Характеризуется нарушением секреции экзокринных желез и требует ранней диагностики для обеспечения высокой эффективности терапии. Задержка в постановке диагноза может привести к развитию комплекса осложнений.
Для анализа ДНК на наличие клинически-значимых мутаций необходимо проведение молекулярно-генетического исследования. Для этих целей используется образец биологического материала пациента – цельная кровь, сухое пятно крови или буккальный эпителий (слюна).
Проведение молекулярно-генетических исследований гена CFTR может быть рекомендовано в следующих случаях:
Мы не рекомендуем проводить данное исследование без наличия показаний и рекомендаций специалиста.
Дополнительная информация по генетическим основам развития данного заболевания может быть получена у врача-генетика.
Что такое высокопроизводительное геномное секвенирование?
Высокопроизводительное геномное секвенирование (NGS) – это метод прямого определения нуклеотидной последовательности молекулы ДНК. От других молекулярно-генетических методов исследования ДНК секвенирование отличается высокими аналитическими свойствами и производительностью, что существенно повышает его диагностическую ценность.
В случае некоторых моногенных заболеваний, таких как муковисцидоз, секвенирование целого участка генома, а не исследование точечных мутаций, помогает решать проблему высокой генетической гетерогенности заболевания (высокого разнообразия типов мутаций в гене). При использовании других подходов, основанных на детекции ограниченного и фиксированного набора генетических вариантов (например, ПЦР или исследований на биочипах) некоторая часть мутаций не будет обнаружена.
Отличие технологии высокопроизводительного секвенирования (NGS) от широко используемого метода — секвенирования по Сангеру, состоит в существенно более высокой скорости проведения анализа по большему количеству регионов генома, и возможности снизить стоимость исследования при сохранении всех преимуществ прямого «прочтения» ДНК.
Технология исследования
Исследование проводится с использованием тест-системы VariFind Neoscreen assay (Parseq Lab, Санкт-Петербург), разработанной в Российской Федерации при участии ведущих медико-генетических научных центров. На данный момент этот тип исследований является наиболее полным источником информации об индивидуальном наборе генетических вариантов гена CFTR. Для этого секвенирование проводится в пределах экзонов, экзон-интронных границы, нетранслируемых областей, значимых промоутерных и интронных регионов гена.
VariFind Neoscreen assay — решение для секвенирование генов CFTR, PAH, GALT методом NGS, прошедшее весь комплекс клинических испытаний. Диагностические свойства системы были установлены в ходе мультицентровых слепых исследований на выборке 576 верифицированных клинических образцов из российской популяции.
Технические характеристики VariFind Neoscreen assay
Диагностируемые заболевания
Муковисцидоз,
Фенулкетонурия,
Галактоземия
Анализируемые гены CFTR, PAH, GALT
Анализируемые маркеры (SeqDB v.13)
CFTR : 442 мутаций
PAH : 99 мутации
GALT : 40 мутации
Суммарная длина таргетного региона 16Kb
Аналитические характеристики VariFind Neoscreen assay
Аналитическая чувствительность 99,34%
Аналитическая специфичность 97,22%
Общая точность 99,99%
Диагностические характеристики VariFind Neoscreen assay
Диагностическая чувствительность 99,31%
Диагностическая специфичность 100%
Аналитическое превосходство 147,31%
Подробнее о тест-системе и перспективах её применения в алгоритме скрининга новорожденных – Презентация «ДНК-диагностика в неонатальном скрининге муковисцидоза»
Процедура проведения анализа
Процедура исследования состоит из следующих стадий:
  1. Выделение геномной ДНК из биологического образца.
  2. Cоздание ДНК-библиотеки для секвенирования.
  3. Таргетное секвенирование с использованием Ion PGM Sequencer (Life Technologies).
  4. Анализ полученных данных, аннотация обнаруженных генетических вариантов и создание отчета об анализе.
  5. Интерпретация результатов исследования генетиком.
Анализ проводится по более чем 319 мутациям, для которых установлена клиническая значимость (ассоциация с развитием заболевания). Одновременно выполняется поиск редких и ранее неизвестных генетических вариантов.
Кто интерпретирует результаты
Интерпретация полученных результатов с целью установления генетического диагноза должна выполняться исключительно высококвалифицированным специалистом-генетиком, особенно, если генетические варианты были обнаружены с использованием методов высокопроизводительного анализа генома.
При проведении исследования с использованием VariFind Neoscreen assay анализ значимости обнаруженных генетических вариантов выполняется с привлечением ведущих специалистов по генетике муковисцидоза ФГБУ «Медико-генетического Научного Центра» РАМН.
У пациентов с муковисцидозом обычно обнаруживается две клинически-значимые мутации (в каждой из гомологичных хромосом). Однако, если в ходе анализа была выявлена только одна патогенная мутация, исключить наличие у пациента заболевания нельзя, в этом случае требуется проведение дополнительных клинических исследований.
«Консенсус по использованию и интерпретации анализа мутаций при муковисцидозе в клинической практике» (ECFS, 2008)
Заказ исследований
Для заказа исследования необходимо сдать биологический материал (кровь или слюну) у вашего лечащего врача, получить информационный листок пациента и заполнить ФОРМУ ЗАКАЗА.
Из образца будет выделена геномная ДНК и проведена оценка её качества. Если образец может быть использован для проведения исследования, то вам будет выслан счет на оплату. В случае, если собранного биологического материала будет недостаточно, вам будет предложено его пересдать. Оплату можно произвести лично в банке, либо посредством Интернет-банкинга.
Информация о начале исследования и уведомление о готовности результатов поступят вам по электронной почте.
Результаты молекулярно-генетического анализа и консультацию по ним можно получить исключительно у вашего лечащего врача (данная мера введена для защиты пациентов от неправильной интерпретации результатов исследования).
Центры, которые могут направить на данное исследование:
  1. Московский городской центр помощи больным муковисцидозом (амбулаторный и стационарный)
    Адрес: г. Москва, 4-й Добрынинский переулок, дом 1/9, Морозовская детская городская клиническая больница Департамента здравоохранения города Москвы
    Центр располагается в 21 строении (вход с 1-го Добрынинского переулка, дом 12), первый этаж.
    Телефон: 8-499-237-66-14
    Заведующая отделением: Шерман Виктория Давидовна, e-mail: tovika@yandex.ru
    Научный руководитель: профессор Кондратьева Елена Ивановна, e-mail: elenafpk@mail.ru

  2. ФГБУ Медико-генетический научный центр РАМН — Российский центр диагностики и лечения муковисцидоза
    Адрес: г. Москва, ул. Москворечье д. 1
    Руководитель: проф., д. м. н. Капранов Николай Иванович, тел.: 8 (499) 254-90-49
    Главный научный сотрудник: проф., д.м.н. Кондратьева Елена Ивановна, тел.: 8 (499) 254-90-49
    Главный научный сотрудник: проф., д.м.н. Каширская Наталия Юрьевна

Центры, которые могут выполнить данное исследование на коммерческой основе:
  1. СПбГКУЗ «Диагностический центр (медико-генетический)» www.spbmgc.ru
    Адрес: г. Санкт-Петербург, ул. Тобольская, д. 5, биохимическая лаборатория.
    Заведующая лабораторией: Вохмянина Наталья Васильевна
    Регистратура: 8 (812) 294-70-00;
    Ответственный исполнитель: врач КЛД Чурюмова Юлия Александровна, тел.: 8 (906) 264-29-38
Консультация
ВАЖНО! Диагноз «муковисцидоз» ставится ТОЛЬКО на основании наличия комплекса клинических факторов и исключительно вашим лечащим врачом. Обнаружение мутаций в гене CFTR является важным основанием для подтверждения наличия заболевания у пациента, НО обособленно от других признаков (клинические проявления, повышенные результаты потовой пробы) не может являться основанием для постановки диагноза.
Патогенный генотип муковисцидоза не является значимым прогностическим фактором и не позволяет достоверно оценить форму, тяжесть и течение заболевания.
ВАЖНО! Система VariFind Neoscreen assay не зарегистрирована для использования в медицинских целях на территории Российской Федерации. Вся представленная информация должна быть использована исключительно в ознакомительных и научных целях.